本会的最高权力机构是会员大会，理事会是会员大会的执行机构。学会日常事务在理事会和会长、副会长等负责人领导下，由秘书长和副秘书长等组成日常班子负责。日常办事机构秘书处包括办公室、学术研究部、咨询与培训部、编辑出版部、国际交流部等。本会设立欧盟专业委员会、英国专业委员会、法国专业委员会、德国专业委员会、中东欧专业委员会、北欧专业委员会、南欧专业委员会及欧亚联盟专业委员会等分支机构。

本会会长为丁纯，副会长吴忠勇、刘军、尚宇红、伍慧萍、余建华、张迎红。秘书长为杨海峰，副秘书长为简军波、龙静、宋黎磊、忻华。监事和欧盟专业委员会主任为杨逢珉。德国专业委员会主任为郑春荣。

本会名誉会长为伍贻康、戴炳然、徐明棋。

本会顾问委员会由上海外国语大学前校长曹德明，华东师范大学前副校长范军，华东师范大学俄罗斯研究中心主任冯绍雷，《德国研究》杂志前副主编李乐曾，中国前驻德国大使梅兆荣，上海市委宣传部前副部长潘世伟，上海社会科学院上合组织研究中心主任潘光，上海市人民对外友好协会前常务副会长汪小澍，中国前驻拉脱维亚大使杨国强，上海国际问题研究院欧洲研究室前主任叶江，德国波恩大学欧洲一体化研究所所长昆哈特组成。欧洲议会议员伊什特万博士为名誉顾问。